Organisasi yang berawal dari Keluarga Mahasiswa NU (KMNU) Mesir ini akhirnya resmi beralih menjadi ‘cabang istimewa’ di bawah naungan PBNU. PCINU Mesir mulai aktif sejak medio tahun 2000, menaungi 9 lembaga-lajnah & 3 badan otonom hingga kini.
Lembaga, lajnah:
- Lembaga Kajian & Pengembangan Sumberdaya Manusia (Lakpesdam)
- Lembaga Bahtsul Masail (LBM)
- Lembaga Media & Informasi (LMI)
- Lembaga Perekonomian (LP)
- Lembaga Seni & Budaya (LSB)
- Lembaga Kaderisasi (LK)
- Lembaga Dakwah (LD)
- Lajnah Ta’lif wan Nasyr (LTN)
- Lembaga Riset PCINU Mesir Research Center
Badan otonom:
- Said Aqil Siradj (SAS) Center
- PCI Fatayat Mesir
- PCI Ansor Mesir
Struktur Kepengurusan PCINU Mesir terdiri dari 3: Mustasyar, Syuriah, dan Tanfidziah.
